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設立於2011年，初衷是有感於大眾對於微生物一知半解
希望藉由成立博物館讓大眾更了解
菌不一定是壞菌，也是對人類有益的菌種
命名為菌寶貝
台語諧音「勁寶貝」「真寶貝」
暗喻著菌是寶貝或寶藏的涵意
首創「黃金蟲草接菌體驗活動」
博物館一樓是牛樟生態區
展示牛樟靈芝會長在牛樟樹上
會呈現鮮橘色，活體牛樟樹會分泌汁液殺死菌類
死掉的樹才會長靈芝
博物館內的鎮館之寶
台灣最大千年牛樟樹雕刻品，「百鳥朝鳳」
乳酸菌的製造流程
各式的益生菌產品、美容保養品販售區。
別忘記帶伴手禮回家 
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